Odjel zaštite okoliša sastoji se od 3 odjela, Laboratorija za mjerenje emisija (LME), Odsjeka za stakleničke plinova (OSP) i Odsjeka za poslove zaštite okoliša (OPZO).
Svaki odjel u sklopu svojih ovlaštenja dobivenih od strane Ministarstva zaštite okoliša i prirode obavlja usluge propisane rješenjima MZOIP-a, kao i konzultantske usluge.